A、番茄无子的培育原理是生长素促进子房壁的发育，生长素并没有改变番茄的遗传物质，这一变异是不遗传的变异，A正确；
B、无子番茄培育原理是生长素促进子房壁的发育，生长素并没有改变番茄的遗传物质，这一变异是不遗传的变异，无子番茄植株进行无性繁殖，长成的植株所结果实中有种子，B正确；
C、无子西瓜的培育原理是染色体变异，属于可遗传变异，若无籽西瓜进行无性繁殖，长成的植株所结果实中没有种子，C错误；
D、无子西瓜进行无性繁殖，长成的植株联会紊乱，不能形成种子，果实发育没有生长素的来源，不能正常结实，D正确．
故选：C．
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