板层角膜移植只涉及角膜的前三层，即上皮、前弹力层及基质。其移除的角膜组织到基质层为止，故其也成为深基质层角膜移植。角膜的后弹力层与角膜内皮依然会得到保留。简单来说，如果患者的角膜受损仅限于上皮至基质层之间，那么可以考虑接受仅替换该病变部分的移植手术，即板层角膜移植。
板层角膜移植的第一步是移除受损的角膜组织。主要方法为人工分割、机器自动化分割以及大泡技术。不论哪种技术，其主要目的都是移除受损的角膜组织并形成更好（平滑）的移植床（医学术语，也是一种形象的说法，将移除病变组织后的角膜比作用于移植的温床），其风险都是在剥离过程中后弹力层及内皮受损、进而导致穿孔而不得不转为穿透角膜移植。
由于后弹力层以及内皮得到了保留，板层移植后移植物的排斥概率大大降低，即不存在内皮排斥的可能，但是上皮及基质产生排异的可能性依然存在。也因为角膜内皮的保留，板层角膜移植可以达到与穿透移植类似的术后最佳矫正视力。
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