A、水螅为多细胞生物，属于个体层次，A错误；B、神经细胞属于细胞层次，不是个体层次，B错误；C、草履虫为单细胞生物，既是细胞层次，也是个体层次，C正确；D、病毒不属于生命系统的结构层次，D错误．故选：C．
