流行性脑脊髓膜炎的病原是脑膜炎球菌，是奈瑟菌属，革兰染色阴性，肾形，常成对排列，可在带菌者的鼻咽部和病人鼻咽部、血液、脑脊液、皮肤瘀点中发现。脑膜炎对外界抵抗力较弱，对寒、热、干燥及常用消毒剂敏感。菌体溶解后释出内毒素，对本病发展过程有重要作用。由于脑膜炎球菌为需氧菌，能产生自溶酶而呈自溶现象，因此，采集标本后必须迅速送检。
根据群特异性多醣体抗原性的不同，本菌可分为A、B、C、D、X、Y、Z、29E及W135等9个血清群，国内尚有1890、1486及1811共3个新菌群。我国流行以A群为主，但已有B群增加的趋势。人体受脑膜炎球菌感染后，产生特异性抗体lgG、lgM及lgA，通过隐性感染获得的特异性抗体效价较低，当机体受到同一菌群侵袭时，只能保护机体免于发病，而不能防止再感染。病后获得的免疫是持久的，抗体效价虽可逐渐降低，但第二次患病者极少。
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