公证处是不能公证这件事情的，你们的购房协议是真实的，不违反法律的规定，是合法有效的，你也对该房进行了50%的出资，你可以依法享有一半的产权。你应该到法院起诉要求确认你的产权，法院的判决书就是你的房屋产权证明。你们的私人合作购房协议是有效的，属于法律规定的合同，法律依据是《民法通则》第八十五条规定： 合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护。
